Današnja crkva sv. Šimuna u sebi inkorporira starokršćansku baziliku sv. Stjepana Prvomučenika sagrađenu još u 5 stoljeću. Bazilika je po konstruktivnim arhitektonskim elementima stajala u grupi monumentalnih gradskih bazilika kasnoantičkog Iadera, a time ide u red najvećih takvih građevina u Dalmaciji uopće. Prvotno je bazilika imala trobrodnu strukturu, te polukružnu apsidu, a dosezala je do stepenica današnjeg glavnog oltara na istoku. Unutrašnjost je stupovljem podijeljena na brodove, a srednja lađa je viša od bočnih. Sjeverni brod omeđuje kolonada od 8 stupova i 9 lukova. Sjeverni stupovi su klesani od bijelog vapnenca, imaju klasični oblik kaneliranog debla, te fine korintske kapitele i razvedene baze s plintom, dva torusa i trohilusom. Kolonada južne lađe se sastoji također od 8 stupova i 9 lukova ali su kapiteli rimsko-dorski, imaju jednostavan oblik sličan naopako okrenutoj bazi, a debla stupova su glatka. Pretpostavlja se da su stupovi obiju kolonada pripadali nekoj starijoj rimskoj građevini ili hramu koji se nalazio moguće upravo na tom mjestu prije gradnje crkve u 5 stoljeću.
Radi vizualnog i „stilskog“ ujednačavanja obiju kolonada, u doba baroka, debla južnih stupovi su obložena žbukom te oslikana kanelirama, a potom su u doba klasicizma dodani korintski kapiteli i kanelire ali u štuku. Prilikom konzervatorskih radova na crkvi 1984. g. uklonjeni su štuko ukrasi, te stupovima vraćen originalni izgled, a crkva je i temeljito arheološki istražena, te je utvrđeno da je južni zid izvorne bazilike bio gusti niz dvostrukih otvora te se unutrašnjost crkve kupala u svjetlosti. Kroz srednji vijek crkva je doživljavala brojne pregradnje. Iz 15. st. datira sjeverni zid sa sjevernim portalom (pristup na tada Zlatarsku ulicu) i 3 mala gotička otvora. Za pretpostaviti je da su tada zazidani i otvori na južnom zidu i u unutrašnjosti pretvoreni u oltarne pale. Posljednja velika pregradnja zbila se 1632. g. kada je prema projektu Kornelija Nassija u produžetku bazilike dograđeno novo svetište i sakristija. Tom prigodom je urbanistički preoblikovan cijeli istočni dio grada smještajem Providurove palače nasuprot, postavljanjem Stupa srama, te formiranjem trga. 16. svibnja 1632. g. svečano je u novo svetište prenijeta škrinja sa tijelom sv. Šimuna ili sv. Šime (prema zadarskoj tradiciji izričaja) i otada crkva nosi današnji naziv.
Prema legendi, tijelo sv. Šime preneseno je iz Palestine, gdje je Šimun Pravednik živio i umro, najprije u Carigrad, a potom je u 13. st. donijeto u Zadar, (prema C. F. Bianchiu ne nakon 1278. g. a najvjerojatnije 1273. g.).
Predaja govori da je za vrijeme križarskih ratova neki vojnik križar (ili trgovac?), po svoj prilici mletački plemić, vraćajući se iz Sirije u svoj grad prevozio tijelo sv. Šimuna. U blizini Zadra brod zahvati oluja, te oštećenom lađom nije bilo moguće nastaviti put do Venecije. Dok se lađa popravljala, plemić se razbolio i sklonio u gostinjac redovnika – pustinjaka na dnu zadarske luke (danas župna crkva sv. Ivana na Relji (?). Za tajnoviti teret je rekao da je tijelo njegova brata preminulog u Svetoj Zemlji, te ga dao privremeno pokopati na obližnjem groblju. Kako se bolest pogoršavala, redovnike je umolio da po smrti dobro pregledaju njegove stvari jer će naći nešto zanimljivo. I doista oko vrata preminulog redovnici nađu bilješku o moćima sv. Šimuna koje je sa sobom prevozio. Prema legendi, redovnici su pred zoru počeli sa iskapanjem Svečeva tijela, a istovremeno tri gradska rektora usnuše san o tom događaju, te se žurno upute na groblje kraj gostinjca. Redovnici su im potvrdili snoviđenje i tijelo Sveca uz velike počasti prenesu u crkvu sv. Marije Veće (Velike Gospe), gdje je ostalo preko 300 godina.
Crkva Velike Gospe je u to vrijeme bila najpopularniji Kaptol u gradu u kojem se govorilo narodnim hrvatskim jezikom jer je bogomolju opsluživalo glagoljaško svećenstvo. 1570. g. u doba velike krize obrane od Turaka Mletačka republika je zbog gradnje gradskih utvrda bila prisiljena crkvu djelomično porušiti, ali se nakana o gradnji nove crkve u blizini nikada nije ostvarila zbog ratom uzrokovane posvemašnje financijske iscrpljenosti grada. Škrinja sa tijelom Sveca smještena je u samostan benediktinki, a potom je 16. svibnja 1632. g. svečano prenijeta u crkvu sv. Stjepana Prvomučenika, kojoj je dograđeno današnje svetište. Svetište je posvećeno 18. listopada 1705. g. o čemu svjedoči spomen ploča u sakristiji.
Na najuzvišenijem mjestu u Svetištu, iznad glavnog oltara, dva velika barokna anđela od bronce nose na rukama srebrno-zlatnu škrinju sv. Šime. Anđeli su izliveni od zaplijenjenih turskih topova 1648. godine.
Škrinja sv. Šimuna je jedan od najdragocjenijih i najvrijednijih eksponata cijele zadarske srednjovjekovne umjetnosti, a po svojim umjetničkim kvalitetama i dimenzijama ide u red cjenjenijih te vrste u svijetu. Službeno je proglašena spomenikom kulture nulte kategorije (svjetskog značenja).
Škrinju sv. Šimuna dala je izraditi ugarsko-hrvatska kraljica Elizabeta, kći bosanskog bana Stjepana Kotromanića i žena Ljudevita Anžuvinca. To je kraljičin osobni zavjetni dar. Djelo je izveo zlatar Franjo Antunov iz Milana 1380. g. koji je u Zadru imao zlatarsku radionicu, a pomagali su mu i domaći majstori: Petar Blažev iz Rače, Stjepan Pribčev, Mihovil Damjanov i Andrija Markov iz Zagreba. Srebrne reljefe u unutrašnjosti škrinje izradio je zadarski zlatar Toma Martinov (Martinušić?) 1497. godine.
Za taj rad rijetke umjetničke i zanatske vrijednosti kraljica je stavila na raspolaganje 1000 maraka srebra, a danas teži oko 343 kg srebrnog i pozlaćenog lima.
Sama škrinja napravljena je od cedrova drveta i obložena srebrnim, pozlaćenim pločama. Izvana i iznutra je oslikana reljefnim prizorima (iz Biblije, povijesti Grada i čudesa sv. Šime) i to tehnikom iskucavanja. Otvorena škrinja u kristalnom staklu prikazuje neraspadnuto tijelo sv. Šimuna, koje je prekriveno izvezenom pregačom – perizoma izvezena biserima iz 15. st. i s natpisom u ćiriličnim slovima, dar je srpskog despota Brankovića, a sadrži i druge brojne predmete (biserima izvezena kruna,, zlatom vezena pokrivača, zlatan prsten s francuskim natpisom, te brojni drugi predmeti uglavnom nakit s dragim i poludragim kamenjem, te zlatni kalež s anžuvinskim grbom koji se mogu razgledati u sklopu postava Stalne izložbe crkvene umjetnosti.
Na poleđini škrinje majstor Franjo je lijepim gotskim slovima urezao natpis na latinskom jeziku koji u prijevodu glasi:
„Ovdje, u ovoj škrinji, koju je da izvrši svoj zavjet darovala moćna, slavna i uzvišena Elizabeta mlađa, vladarica Ugarske, počiva u miru Šimun Pravednik, koji je na svojim rukama držao Isusa, rođena od Djevice. Ovo djelo učinio Franjo iz Milana 1380.“